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ラボでやろう。

分子模型は直観的に構造を理解することに有用です。複雑な構造を持ったタンパク質の分子模型を手軽に印刷し、研究に役立てる日が来ることを目指してブログを開始しました。※2013年9月現在、ほぼその製法を確立出来つつあります。もし自分の研究室でも、と考えていらっしゃる方は、まず川上までご連絡ください。

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現在までの状況その2

さて、Cubeの印刷の仕組み(ソフトウェア)について説明しますと、
Cubeは、専用の印刷ソフトで作成されたファイルのみを認識します。ソフトは、Cubeを購入し、
Activation Keyを手に入れて初めて、ソフトをダウンロードして入手することが出来ます。

このソフト「Cubify」は、まず、印刷したいオブジェクトデータをインポートします。
このインポートできるファイルは、STLのみです。まずここが「ラボでやろう」計画で重要な点です。

タンパク質分子のデータは、PDBビューワで編集します。そしてこれでいいなと決まったら、
(ここでも、印刷に適した編集の仕方というのが有ります。また機会が有れば説明します)
そのデータを、CADが認識できそうなフォーマットで出力(ファイルに保存)します。

ここで、良くつかわれるビューワを見てみます。

今は圧倒的にPyMolでしょうか。その次に、Chimera、そしてswiss PDBviewer?
昔NMRをしていた時はETHのmolmolを良く使っていました。操作が分かりづらいのですが、当時は
非常に綺麗にリボンモデルを描画するので気に入って使っていた記憶が有ります。
日本ではMolfeatが有ります。これは有料ですね。


  1. 2012/09/13(木) 18:36:46|
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