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ラボでやろう。

分子模型は直観的に構造を理解することに有用です。複雑な構造を持ったタンパク質の分子模型を手軽に印刷し、研究に役立てる日が来ることを目指してブログを開始しました。※2013年9月現在、ほぼその製法を確立出来つつあります。もし自分の研究室でも、と考えていらっしゃる方は、まず川上までご連絡ください。

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リボンモデルの模型データ作り。その4

分子を太い丈夫なリボンで表示しました。SS結合を表示しました。βシート間の水素結合を表示しました。それでも、ここは折れそうだなとか、特にN末C末はフラフラして危なっかしいなど感じることも多いと思います。その時には物理サポートで強制的にその部分を他とつないでしまいたい場合が有るでしょう。
CADソフトでいちいちオブジェクトを発生させて繋いでいくのも可能ですが、やはりchimeraの中で済ませてしまえるのならそれが楽です。

私は一つの方法を発見しました。それは、強制的に、主鎖間の水素結合を表示させてしまう、という方法です。
どういう事かというと、前講で、βシートのみを選んで、シート間の水素結合を表示させましたが、同じように、「繋ぎたい残基の対を選んで、βシートと同様にFindHbondでOnly find H-bonds>with both ends selectedを選択しておき、applyで表示させるという方法です。

まず、繋ぎたい残基2つを選びます。リボンモデルの、繋ぎたい位置にマウスカーソルを持っていくと"GLU148.A"というように、残基種類、残基番号、鎖IDが表示されます。この残基番号をメモっておき、もう一方の残基位置も同様に残基番号を調べます。
そしてコマンド入力ウインドウで(メニューからFavorites>Command Lineでメインウインドウ下部にコマンド入力部が現れます)次のように入力します。(12番と148番だったとしましょう)
select :12.a@n:148.a@o
何をしているかというと、12番残基のNHと、148番残基のCOを選択せよ、というコマンドです。
数字が残基番号、.aというのは、鎖のID(一つしか分子鎖が無い場合は省略可能)です。
2か所、緑のふちで囲まれたのを確認してください。
その後、FindHbondでOnly find H-bonds>with both ends selectedになっているのを確認してください。
ここで、applyを押しても、何も表示が変わりませんでしたね?それどころか、これまで表示してた水素結合も消えてしまいましたね?

これは、水素結合を検出しようにもあまりにも遠すぎてそんなのありませんという返事です。なおかつ、この検出は排他的なので、これまでの検出していたものを削除してしまいます。
まずこれを避けるには、Retain Currently displayed H-bondsのボタンをオンにしてください。
「これまで検出して表示してきた水素結合は残しておき、そのうえで今回の検出を足して表示します」というモードになります。
次に、Relax H-bond Constrainsのセクションを見てください。ここのラジオボタンをオンにして、水素結合の検出条件を緩和してやります。ここで、ものすごく限定して選択した効果が出てきます。距離(angstroms)にものすごく大きな数値を入れ、角度(angles)も360で構いません。とにかく、大甘の条件にしてやります。が、選んでいるのはNHとCOの組だけなので、ここだけがどんなに離れて、どんな角度で向かい合っていても、水素結合が有ると判断し、表示してくれます。

理屈が分かったでしょうか。この調子で、1組ずつ、選んではapplyで水素結合表示を一つづつ増やしていくのです。楽して一度に複数残基を選んでも駄目ですよ。それらの間でネットワークのように水素結合が張り巡らされてしまいます。あくまで、一組づつ。
この方法は、失敗したら、後戻りできないのが残念な点です。残基の組みをメモっておいて、失敗してもすぐにやり直せるようにするとか、セッションをこまめに保存して間違えたら開きなおすなどで対処してください。

…これで補助サポートを張ることが出来ましたね!ようやくこれでリボンモデルの編集作業は終了です。

  1. 2013/08/02(金) 21:58:23|
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