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ラボでやろう。

分子模型は直観的に構造を理解することに有用です。複雑な構造を持ったタンパク質の分子模型を手軽に印刷し、研究に役立てる日が来ることを目指してブログを開始しました。※2013年9月現在、ほぼその製法を確立出来つつあります。もし自分の研究室でも、と考えていらっしゃる方は、まず川上までご連絡ください。

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リボンモデルの模型データ作り。その3

3、いや4本立ての長編です。でもそのくらい重要です。書くことが沢山あります。

リボンモデル、SS結合が十分な数、離れた部位を繋ぐように配置されている場合これで事足りるかもしれません。しかし、もともとSS結合が少ない、無い、または近い位置の残基感を結んでいてあまり効果が高くない、という場合も出てくると思います。

そこで次にサポートとしてお勧めするのが、主鎖間の水素結合を実体化させ、補助サポートとして使おうという作戦です。水素結合の位置も表示できますので有用だと思います。

ただ、αへリックスは、実はそれ自体が大きめのらせんを巻いたオブジェクトで、取り出し時に破損するという事はあまりありません。またリボンと同時に4残基ごとのCO-NH間水素結合を表示しても、大きなリボンに隠れて見えづらいこともあり、αへリックスに水素結合を表示させるのは有効ではありません。

βシート、こちらは大きな効果が有ります。離れた残基間で働く場合が多く、2つの長い板状のシートの構造を何か所も繋いでくれるため、非常に丈夫な印刷物が出来ます。

さてではどのように水素結合を表示し、かつ、それが実体化データとして含めることが出来るかをお教えします。
まず、先ほど言ったように、αへリックスの水素結合は要らないので、Select>Clear Selectionですべてを外し、改めてSelect>Structure>Secondary Structure>Strandを選択。シート部の外縁が緑になったことでしょう。

この状態で、Tools>Surface Binding Analysis>FindHbondを選択します。
するといろいろ聞かれていますが、大事なのは、Only find H-bondsの横のプルダウンで、ラジオボタンをオンにすると、ポップアップメニューの項目が選択できで、ここではwith both ends selectedを選びます。すなわち、βシートで選んでいるんだから、シート間でのみ起きている水素結合しか探しませんよ、という設定です。これでapplyを押すと…水色の太い線が、βシート間で水素結合を結んでいる位置に表示されましたでしょうか。
これだけあればβシート間の安定性は抜群でしょう。

では次に、この補助線と言える水素結合(今は厚みの無い太い線として描かれていますね)を実体化させる必要が有ります。このまま印刷データにしても”厚みゼロ”というオブジェクトは印刷対象になりません。

そこでTools>General Controls>PseudoBand panel を選びます。水色のウインドウが現れます。ここで下段にあるhydrogen bondsをクリック2回押してhydrogen bonds attributesを開きます。
ここで、再下段のComponent PseudoBond Attributesのボタンを押し、さらにボタンを表示させます。
このうち、bond styleをwireからstickに変えましょう。するとほら、水素結合が立体感を持ったオブジェクトとして描画されています。…しかし太さが足りませんね。それは上の段のstick scale項目で太らせることが出来ます。

さて!これでたいていのリボンモデルのデータ作りは可能だと思います。

何?補助線がもっと欲しい?2次構造に関係なく?ループ部にも?
…ごもっともなリクエストです。もちろん、CADソフトを介入させて、繋ぎたい二点を円柱オブジェクトなどで繋ぐ→マージすることは可能です。ただどれくらいすいすい、安いソフトでできるかは疑問です。
でも出来るだけCADを使わず、ビューワ内の操作でこと足りるものができるか。挑戦です。

…ふぅ。 次回は任意の位置にスティックを生やす方法について述べます。
  1. 2013/08/02(金) 02:02:48|
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