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ラボでやろう。

分子模型は直観的に構造を理解することに有用です。複雑な構造を持ったタンパク質の分子模型を手軽に印刷し、研究に役立てる日が来ることを目指してブログを開始しました。※2013年9月現在、ほぼその製法を確立出来つつあります。もし自分の研究室でも、と考えていらっしゃる方は、まず川上までご連絡ください。

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リボンモデルの模型データ作り。その2

そのままでは取り出しが難しいモデル。物理サポートが必要です。

まずその分子にはSS結合が有るでしょうか?有るとしたら、それを実体化、スティック表示で実体化させることで、リボンの部分と部分をしっかりとつなぐことが出来ます。かつSS結合の場所を明示できるので一石二鳥です。

Favorites>Sequenceで編集したい分子のシーケンスを表示させ、SS結合をしている残基を選びます。残基のアルファベットをマウス左を押しながらなぞるように動かすと選べます。そしてシフト押しながらで複数選べます。
選んだらActions>Atoms/Bonds>Stickを選択し、Actions>Atoms/Bond>showで、システイン残基の側鎖を表示できます。

残基を選んでスティック表示にしたら、残基に含まれるすべて、つまりCαHやCO,NHも表示されてしまわない?という疑問が出るかもしれませんが、chimeraは優れていて、リボン表示されている残基に関しては、側鎖のみがリボンから生えているように表現されます。これは便利。(Pymolはそうでないので消すのが少し大変です。)

全てSS結合を表示し終えたでしょうか。
さて、スティックの太さは?大丈夫ですか?多分細すぎて駄目でしょう。ではスティックの太さはどうやって調整するのでしょうか。これはFavorites>Preferencesで出たウインドウ内で、Category>プルダウンでNew Moleculesを選択し、stick scaleの数値を変更してください。2とか2.5辺りでしょうか。入力したら、Saveを押してウインドウを閉じます。
…あれ?変更が更新されていない?そうです。chimeraの悪い点なのですが、ここで変更しても、new moleculesという項目名が示すように、新しくロードした分子から適用されるのです。

残念ですが、一旦編集した分子を諦め、セッションを閉じましょう。ただしここで、せっかく調整したへリックスやループの太さのパラメータも初期化されてしまうので、再度ribbon style editorに戻り、設定ファイルをSave as で名前を付けて保存しておきましょう。

セッションを閉じ、再度やり直し。(ただし次からはこのスティックの設定値が保存されていると思いますので、この操作は今回限りです)リボン表示して、システインをスティック表示、太さが更新されているのを確認。

鶏リゾチームや、RNaseAなどは4対も、しかも一次構造上離れた残基を繋ぐよう配置されているので、これだけでも印刷取り出し時のサポートに十分なるかと思います。
  1. 2013/08/01(木) 23:34:00|
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