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ラボでやろう。

分子模型は直観的に構造を理解することに有用です。複雑な構造を持ったタンパク質の分子模型を手軽に印刷し、研究に役立てる日が来ることを目指してブログを開始しました。※2013年9月現在、ほぼその製法を確立出来つつあります。もし自分の研究室でも、と考えていらっしゃる方は、まず川上までご連絡ください。

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リボンモデルの模型データ作り。

次にリボンモデルのデータ作成について。

リボンモデルは、非常に細い部分が出来ます。印刷後、取り出す際や模型を扱う際にその部分が折れてしまわないよう、十分な物理強度を持たせる必要があるという事を頭に入れておいてください。

リボンモデルデータを作成できるソフトは、chimera一択です。
pymolもvrmlで保存し、meshlabでstlに変換すれば印刷は可能かもしれません。しかし良く見ると、pymolで2次構造を表現する(cartoon表示)と、2次構造の継ぎ目部分、特にβシートの矢印の先端部などが、不連続に表現されてしまっています。矢印先端とループ部分との接点があまりにも小さいため、印刷しても、その部分でぽきっと折れてしまうのです。いくらループや矢印を太くしても駄目です。ということでPymolは諦めましょう。
(といいながら、kawakami modelはpymolを使って印刷データを作成しています。このネタを明かすと、継ぎ目部分が連続になるように、一枚薄手の「皮」でモデルを包み込むようなデータ処理、wrappingという作業をしています。こうすると適当に不連続な部分を「丸め込んで」、かつ平坦な部分はほとんど何も変化が無い(薄皮一枚乗っかるだけ)データに変換できます。ただしこの機能は、高価なCADソフトでしかできないはずなので、Cubeでのデータ作りではこの方法はとらないでおきましょう(どうしてもという場合は、私に聞いてみて下さい)

chimeraで印刷したい分子鎖をリボンで表示できたら、印刷に適したパーツの太さに調整します。
メニューから、tools>depiction>ribbon style editorを選択します。ここでは各二次構造の表示パラメータを調整できます。
Cubeで印刷する場合、ループ部の太さは、最低でも0.4にはしておきましょう。coilのwidth,hightともに同じ数値を入力します。私は0.6くらいにしています。ちょっと不恰好ですが、印刷するには仕方ありません。
同様にしてへリックス、シートも調整します。独特なのは、βシートの矢印の先端、根元も調整できる点です。先端部はループと同じ太さにしておきましょう。

さてこれで印刷できる…はずですが、良く考えてみましょう。
リボンモデルで表示しましたが、NからC末まで、たった一本のリボン鎖がウネウネグルグル巻いているだけです。印刷できても、取り出し時に、この鎖がグラグラ、不安定で、サポートの切り出しの際にいつリボンを破損するか分かりません。いや、最初は100%失敗(ポキッとどこかで折ってしまう)するでしょう。

ではどうしましょうか。
  1. 2013/08/01(木) 22:34:49|
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