afniia,pp3dp系に限らず、どの樹脂で印刷するかはあまり議論されていないかもしれませんが、結構重要です。

まず色に関してですが、よっぽどのことが無い限り、白、もしくはそれに近い無着色と呼ばれるものを
使用するでしょう。
そして強調したい部分には、あとからタミヤカラーなどで着色することと思います。
この着色の際に気を付けることは、ガンダムマーカーの様な、さらさらした塗料を表面に塗ろうとすると、
積層面に沿って塗料が流れてしまい、きれいに塗装出来ないということが発生します。
この場合は、アセトン蒸気で表面を溶かす処理をしてから塗装すると良いでしょう。
もしくは、常に粘性の高い塗料のみを使用してください。

たまには、「サブユニットごとに色を変えた模型を作りたい」と、
最初から着色された樹脂を購入して使用したいと思うことが有るかと思います。
しかし待ってください。着色された樹脂についてですが、
あまりに色が濃いため、分子表面の微妙な凹凸の陰影が分からなくなってしまい、あまりお勧めできません。
それならば、どのサブユニットも、白もしくは無着色で印刷し、サポート除去後に、樹脂用染料で染めた方が、
表面の凹凸情報をほとんど失わずにすみます。
ここで、通常は欠点と思われていた、積層線の跡が生きてきます。
染めムラが、積層跡に沿って出来るので、その積層線のうねり方（＝模型表面の形状）が強調され、
凸凹が良く分かります。

染料はＳＤＮ染料（ハンズやアマゾンで７００円くらいで買えます）を使用してください。
とっても簡単です。ビーカーとたっぷりのお湯を用意し、染めたい濃度に合わせて染料をお湯に溶かし、
模型を漬けるだけです。
お湯を使うと、あっという間に染まります。
また、例えば、α１、α２、α３と、同じドメインでも化学状態の異なるドメインを、濃度で
区別したい場合は、数十秒で淡く、数分で少し濃いめに、一昼夜漬けておくと非常に濃いめ、というように
染め分けることが可能です。
染めるのに使用した液は回収して保存しておけば何度でも使えます。非常に便利です。

３Ｄプリンタ、どんどん新しい機種が出て、どれを購入すれば良いのか迷うかもしれませんが、
これまでの流れから、分子模型作製には、pp3dp社製のUP!plus2 もしくはUP!mini、
あるいは、アメリカのpp3dp製品のＯＥＭであるAfiniaHが適していると判断できます。
これらの機種で決まりでしょう。

ということで、今後はこれらの機種に限定して、話を進めていきたいと思います。
今後配布するデータも、STLではなく、「.UP」拡張子、つまりもうダウンロードしてくれば
なにもせずにそのまま印刷出来てしまう形式のデータを配布することにしたいと思います。

chimeraは複合体等、分子量が大きい分子の表面を計算させると、エラーが出て強制終了になる事があります。
これはメモリの小さいＰＣやＣＰＵパワーによるものだと思われます。

対策ですが、コマンドsplitでまず分子鎖を分け、surfaceをshowしてやると、上手く行くようです。

プリンタそのものや、どうやったらタンパク質モデルが印刷出来るかの技術的質問を受ける事が多くなってきました。
はやくこのサイトをまともな物に仕上げて公開すべきであると実感しています。

しかし、ブログの書き込み内容の変遷からお分かりのように、プリンタの機種そのものがどんどん更新されていく中で、
どういう技術に的を絞ってサイトを構築すれば良いか、まだはっきりと見えていないところが有ります。